Dahulu Desa ini adalah bagian dari Wanua Peneki ( Wanua adalah sebutan Desa pada waktu itu ) kemudian pada tahun 1964 Desa Manyili dimekarkan dari Wanua Peneki menjadi Desa Gaya Baru dikepalai oleh Tajuddin Taha selang dua tahun Kemudian sesuai dengan kebijakan Pemerintah pada waktu itu Manyili kembali bergabung dengan Wanua Peneki yang kepala Wanuanya masih H.Kamma dan pada tahun 1982 kembali Manyili dimekarkan dari Desa Peneki menjadi Desa definitif yang terdiri dari tiga Dusun, Yaitu Dusun Lagoari I, dusun Lagoari II dan Dusun Ajuraja yang dipimpin oleh H.Kamma sebagai Kepala Desa manyili sedangkang masing-masing Kepala Dusunnya adalah Kepala Dusun Lagoari I adalah Muh. Tahir, Kepala dusun lagoari II adalah Arifin Conggeng dan Kepala Dusun Ajuraja adalah Andi Baso.

1. Kamma memimpin Desa Manyili sampai pada tahun 1987 dan digantikan oleh Mahmud Andi Tandjong yang memimpin Desa ini sampai ditahun 2003, pada masa kepemimpinan Mahmud Andi Tandjong Desa Manyili dimekarkan menjadi tiga Desa yang masing-masing Desa Lagoari, Desa Ajuraja dan Desa Manyili sendiri akhirnya Desa Manyili dibagi menjadi dua Dusun yaitu Dusun Wekkae dan Dusun Adingnge. Sampai pada akhir periode kedua kepemimpinan Mahmud Andi Tandjong harus berakhir ditahun 2003 diadakan Pemilihan Kepala Desa yang diikuti oleh tiga Tokoh Manyili yaitu Makmur, Ambo Tang dan Suyuti dan peroleh suara terbanyak diraih oleh Makmur.

Penamaan Manyili di desa ini adalah berdasarkan sejarah pada zaman kerajaan Peneki yang salah satu Perangkat kerajaan yang disebut “Pabbicarana Arungnge “ adalah seorang berkedudukan disebelah Selatan Kerajaan Peneki (posisi Desa manyili sekarang) bernama Pa’Manyili.